circRNA测序分析

产品简介

环状RNA（circular RNA，circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子，是在转录过程中,通过可变剪接形成的一类首尾相接的环状RNA分子。circRNA主要来源于内含子或外显子，在mRNA前体分子可变剪接加工过程中通过反向拼接或套索内含子的方式产生，具有进化上保守、结构稳定以及组织表达特异性等特征。

研究发现circRNA可作为竞争性内源RNA（competing endogenous RNA，ceRNA），结合胞内miRNA，阻断miRNA对其靶基因的抑制作用。circRNA也可与蛋白形成复合体调节下游的靶基因。另外，circRNA的表达呈现出很强的组织特异性，也暗示circRNA具有重要的生物学功能。

与线性RNA不同，circRNA分子呈封闭环状结构，不受RNA外切酶影响，表达更稳定，不易降解。因此可通过去除total RNA中的rRNA和线性RNA分子，特异地富集circRNA分子后进行测序，更有针对性地分析样本中circRNA的种类并进行表达定量，结合生物信息学挖掘手段，研究circRNA的功能和调控机制。

技术路线

数据分析

基本分析	高级分析
原始数据质控及评估	与miRNA关联分析（需有miRNA数据）
与数据库比对分析	个性化分析
circRNA鉴定与注释
circRNA表达水平分析
鉴定新的circRNA
可变剪切事件识别
circRNA差异表达分析
GO和KEGG富集分析

案例展示

Circular RNA circTRIM33-12 acts as the sponge of MicroRNA-191 to suppress hepatocellular carcinoma progression

环状RNA circTRIM33-12作为MicroRNA-191的海绵抑制肝细胞癌进展

复旦大学生物医学研究院的研究团队通过研究发现，circTRIM33-12在HCC（肝细胞癌）组织和细胞系中下调。HCC中circTRIM33-12的下调与恶性特征显著相关，并且可作为手术后HCC患者的总体存活（OS）和无复发存活（RFS）的独立危险因素。CircTRIM33-12在HCC细胞中的表达降低增加肿瘤增殖，迁移，侵袭和免疫逃避。

研究表明circTRIM33-12通过海绵吸附miR-191上调TET1表达（DNA双加氧酶，DNA去甲基化关键蛋白），导致HCC细胞中5-羟甲基胞嘧啶（5hmC）水平显着降低。5hmC为DNA去甲基化调控过程中重要的DNA修饰，研究表明5hmC作为强组织特异性的表观遗传标志物，可能是用于肿瘤诊断的更敏感标志物。该研究发现circTRIM33-12调控5hmC降低，对circRNA参与DNA甲基化调控具有重要意义。

Zhang P F, Wei C Y, Huang X Y, et al. Circular RNA circTRIM33–12 acts as the sponge of MicroRNA-191 to suppress hepatocellular carcinoma progression[J]. Molecular cancer, 2019, 18(1): 105.

常见问题

• 1. cricRNA 测序和普通的 RNA-seq，在抽提 total RNA 时有区别吗？
  circRNA 测序对 total RNA 的要求与普通的 RNA-seq 相同，所以抽提方法也相同。但是由于 circRNA 建库需要去除 rRNA 和线性 RNA，所以需求大量的 total RNA，需提供 ≥22 μg 的 total RNA，其中 20 μg 用于 circRNA 建库。
• 2. 全转录组测序和 circRNA 测序区别在哪里？如何选择？
  两种测序方式的相同之处为都可以获得 circRNA 序列信息。不同之处在于，全转录组测序除了 circRNA 序列信息外，还可以获得 mRNA 和 lncRNA 的序列信息，可以进行 circRNA-mRNA、lncRNA-mRNA 关联分析和网络构建，lncRNA 的调控机制（cis 和 trans）等分析；但由于建库方式的差异和测序数据量的限制，全转录组测序所获得的 circRNA 类型通常比 circRNA 测序要少。而 circRNA 测序，只能获得 circRNA 序列信息，但 circRNA 测序可以获得比全转录组测序更多的 circRNA 类型，可以对 circRNA 的剪接模式和 circRNA 类型进行更细致、深入的分析，便于发现新的 circRNA。