植物样本包埋三大“独门秘籍”,即刻开始空间转录组研究第一步!

原标题:植物样本包埋三大“独门秘籍”,即刻开始空间转录组研究第一步!
植物组织具有含水量高、类型复杂多变的特点,细胞壁结构的存在使得mRNA释放困难,多糖多酚类次级代谢产物难清除,也会影响mRNA的捕获。同时,植物的包埋方法、切片厚度等也会影响冷冻切片的质量。安诺优达经过不断摸索,现已练就植物空转样本包埋“秘籍”,且听小编慢慢道来~
“秘籍”第一式,选择包埋方式
目前安诺优达推荐抽真空冷冻包埋与直接包埋两种包埋方式。
01 实验室有抽真空装置时,首推抽真空冷冻包埋方式。
02 针对一些特殊材料,实际包埋时同样首推抽真空冷冻包埋方法。

03 针对表面光滑、组织结构连接紧密、无空腔的根、茎、果、油质类(松针)等植物样本,使用两种包埋方式均可。
04 叶片、根类需要根据具体研究目标(叶脉、叶片平整度,叶片厚度等)确定包埋方式及切片方式。
真空包埋获得高质量的石榴果实切片
直接包埋获得高质量的玉米茎切片
“秘籍”第二式,操作包埋步骤
轻松快速玩转样本预处理,安诺优达包埋操作必知三大注意事项来啦~
01 排气泡
向包埋盒中加入OCT后,需注意排除气泡。气泡的存在可能形成空腔,最终影响样本质量。
02 预冷
不论是包埋操作用到的抹刀、镊子等工具,还是清洗组织的缓冲液,应用的包埋盒和新鲜组织,都要事先预冷。低温环境操作可以有效延缓核酸的降解。
03 吸干水分
组织离体后,需要清洗的样本,事后必须利用无菌无纺布/无菌无尘纸擦干表面液体。否则易在组织表面形成冰晶,最终影响组织切片形态。
50% OCT抽真空包埋法流程图
“秘籍”第三式,注意包埋细节
Q:我研究的样本过小,为了更有效利用芯片面积,应该如何操作呢?
A: 针对小尺寸样本,安诺优达目前拥有0.5cm*0.5cm芯片匹配小规格组织。例如以种子为研究对象,由于部分植物样本较小,我们建议在事先包埋时,可以在一个包埋块多放几个植物样本,轻按压至包埋盒底部即可,保证整体包埋样本占芯片大小25%~50%以上为宜。
Q:听说你们要质检和摸索合适的贴片方向,我应该送几个包埋块过去呢,一个够吗?
A: 到样后,切片中间修下来的切片我们会安排提取RNA和染色,不浪费关注区域的样本。如组织尺寸较小,低于预估消耗量,无法在一块组织实现质检-TO-GE实验,我们会取一个小组织块单独专门进行质检,并依此判断同一批次包埋的样品质检结果。同时,为了更高效地开展实验,避免没看到感兴趣的结构但是样本已切完了,植物样本建议老师单次多送2-3个备份样本。
Q:我研究的是植物根尖,有什么注意事项吗,应该横切还是纵切呢?
A:针对根类样本,优先推荐水培或者培养基培养。最终选择横切还是纵切,和老师的研究目的,感兴趣的结构和细胞类型息息相关。目前安诺优达样本横切/纵切均有相关经验。
“秘籍”三式记心中,植物样本整装完毕,空间实验蓄势待发!目前安诺优达已有植物根、茎、叶、花、果实、种子等不同类型样本丰富的处理经验。更详细的送样标准和制备注意事项,可发送邮件至 TS_Support@genome.cn,我们将在24 h 内与您联系。
关于安诺优达
安诺优达基因科技成立于2012年,总部位于北京,在北京、义乌、上海设立医学检验实验室,是中国基因行业的平台型企业。安诺优达一直深耕人类医学健康和生命科学研究两大领域,建立了专业的检测与数据分析平台,积极推动基因科技的产业化应用,助力生命科学发展。
在科技服务领域,安诺优达通过多组学技术,和国内外高校院所和研发机构广泛开展科研合作,已在 Nature、Science、Cell、Nature Genomics 等期刊合作发表文章上百篇。目前在单细胞多组学、空间转录组学、转录调控、三代测序、复杂基因组组装、泛基因组组装、单基因病研究、肿瘤致病机制探究等研究领域,安诺优达已形成特色技术优势,为生命科学研究提供优质的整体解决方案。返回搜狐,查看更多

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